Výbor NS MAS organizuje a řídí činnost spolku podle usnesení Valné hromady a v souladu se stanovami. Výbor je složen ze 13 zvolených zástupců Krajských sítí vyjma hl. m. Prahy, kde MAS, jako nástroje venkovského rozvoje, nejsou přítomné. Výbor hospodaří s finančními prostředky podle schváleného rozpočtu při dodržování obecně platných závazných předpisů.